Mariano Andrés Pernía nació el 4 de Mayo de 1977 en Tandil –provincia de Buenos Aires- Argentina. A los 15 años dejó su ciudad para sumarse a las inferiores del Club Atlético de Independiente, donde debutó a los 23 años de la mano de Piazza en Octubre de 2000.

A los 25 años, después de haber formado parte del Independiente campeón de 2002 y 57 encuentros disputados, viajó a Europa donde se incorporó al Recreativo de Huelva en 2003. Allí jugó en la segunda división y consiguió el ascenso a los pocos meses de haber llegado al club.

En Junio de 2004, luego de descender con el Recreativo, fue transferido al conjunto del Getafe. Allí estuvo dos temporadas y, después de Ronald Koeman, fue el defensor que más goles convirtió. A comienzos de 2006, se nacionalizó español y eso ayudó a que lo compre el Atlético de Madrid, club donde juega actualmente.

Después de que se nacionalizó, defendió los colores de la Roja. En la lista inicial de Luis Aragonés para el Mundial de Alemania en 2006 no estuvo. A causa de la lesión de Del Horno, el DT lo llamó para que ocupe esa plaza. En total disputó 9 encuentros y marcó un solo tanto.

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